苦味是咖啡四大滋味之一，但無揮發性只有水溶性，因此很多人怕苦，寧願聞咖啡香也不肯喝咖啡。咖啡的苦滋味可歸類為順口與礙口兩種，前者指咖啡因，葫蘆巴鹼，脂肪族酸和奎寧內酯天然的微苦味；後者礙口苦味，指綠原酸的降解物綠原酸內酯（Chlorogenic acid lactones），瑕疵豆和碳化粒子的重苦味。

酚酸類的綠原酸在烘焙過程，多半會降解為奎寧酸，咖啡酸和綠原酸內酯，這些產物會增加咖啡的苦味，如果綠原酸殘留太多，則澀感加重，甚而出現澀苦味。羅布斯塔的綠原酸含量高出阿拉比卡的一倍，因此苦澀較重。最糟的是瑕疵豆太多，尤其是未挑除乾淨的黑色豆，在淺中焙也會有難以下嚥的雜苦味。

葫蘆巴鹼是咖啡苦味的重要因子，所幸不耐火候，烘焙度愈深，葫蘆巴鹼裂解愈多，苦味就愈低，照理說淺中焙的葫蘆巴鹼降解少於深焙，因此淺中焙的苦味會高於深焙。

但實際情況卻非如此，淺中焙的苦味明顯低於深焙。科學家研究後發現，原來淺中焙殘餘較多的葫蘆巴鹼的苦味，居然和淺中焙碳化程度較低且甜度較高的焦糖結合，產生悅口的甘苦滋味。

咖啡因的苦味要被味覺喝出的門檻濃度是200ppm，除非沖泡濃一點才喝得到咖啡因的苦味。有趣的是，人工低因咖啡雖只含0.03%的微量咖啡因，但連杯測師也喝不出低因咖啡的苦味與正常咖啡有何不同，顯見咖啡因並非咖啡苦口的主因。

反觀深焙的葫蘆巴鹼雖已降解殆盡，幾無苦味，但深焙的焦糖，碳化程度較高，苦味較高（但並非絕對），反而抵消了葫蘆巴鹼降解後無苦味的功勞。可見葫蘆巴鹼與焦糖在淺中焙與深焙的甘苦平衡上，佔有一席之地。

咖啡藝術家